蕨類植物根莖外表通常為一列表皮,表皮下面有下皮層(Hypodermis),為數(shù)列厚壁細(xì)胞,內(nèi)部為薄壁細(xì)胞組成的基本組織。一般具網(wǎng)狀中柱(Dictyostele),因根莖葉隙的縱向延伸和互相重疊,將維管系統(tǒng)分割成束,橫切面觀可見斷續(xù)環(huán)狀排列的周韌型維管束,每一維管束外圍有內(nèi)皮層,網(wǎng)狀中柱的一個維管束又稱分體中柱(Meristele)。分體中柱的形狀、數(shù)目和排列方式是鑒定品種的重要依據(jù)。在環(huán)列的分體中柱的外方,有葉跡維管束。如綿馬貫眾等。有的根莖具雙韌管狀中柱。木質(zhì)部排成環(huán)圈,其里外兩側(cè)均有韌皮部及內(nèi)皮層環(huán),中央有髓部,如狗脊。
蕨類植物根莖的木質(zhì)部無導(dǎo)管而有管胞,管胞大多為梯紋。在基本組織的細(xì)胞間隙中, 有的具間隙腺毛,如綿馬貫眾。
根莖類中藥的橫切面顯微鑒別,首先應(yīng)根據(jù)維管束類型和排列形式,決定其為蕨類植物根莖,還是雙子葉植物或單子葉植物的根莖。根莖中常有分泌組織存在,如川芎、蒼術(shù)等有油室;石菖蒲、干姜等有油細(xì)胞。單子葉植物根莖中常有粘液細(xì)胞,其中常含草酸鈣針晶或針晶束,如半夏、白及等。厚壁組織也常有存在,是重要的鑒別特征之一,如蒼術(shù)的木栓層中有石細(xì)胞帶,黃連(味連)的皮層及中柱外方部位均有石細(xì)胞。多數(shù)根莖類中藥含有淀粉粒,有的含有菊糖而無淀粉粒,如蒼術(shù)等。