1.目標和對象不同

對政府的財政收支或者國有金融機構(gòu)和企事業(yè)組織財務收支進行審計，確定其是否真實、合法和具有效益

注冊會計師依法對企業(yè)財務報表進行審計、確定其是否符合會計準則和相關會計制度，是否公允反映了財務狀況、經(jīng)營成果和現(xiàn)金流量

2.標準不同

依據(jù)是《中華人民共和國審計法》和審計署制定的國家審計準則

依據(jù)是《中華人民共和國注冊會計師法》和財政部批準發(fā)布的注冊會計師審計準則

3.經(jīng)費和收入來源不同

政府審計是政府行為，政府機關履行職責所必須的經(jīng)費，列入同級財政預算，由同級人民政府予以保證

注冊會計師審計是市場行為，是有償服務，費用由注冊會計師和審計客戶協(xié)商確定，但是注冊會計師在發(fā)表審計意見時，獨立性不能受到干擾

4.取證權(quán)限不同

政府審計具有更大的強制力。各有關單位和個人應當支持、協(xié)助審計機關的工作，如實向?qū)徲嫏C關反映情況，提供有關證明材料

注冊會計師審計受市場行為的局限，在獲取審計證據(jù)時，很多程度上有賴于企業(yè)及相關單位配合和協(xié)助，對企業(yè)及相關單位沒有行政強制力

5.對發(fā)現(xiàn)問題的處理方式不同

審計機關對違反國家規(guī)定的財政收支、財政收支行為可在職權(quán)范圍內(nèi)做出審計決定或者向有關主管機關提出處理、處罰意見

注冊會計師對審計過程中發(fā)現(xiàn)的問題只能提請企業(yè)調(diào)整有關數(shù)據(jù)或進行披露，沒有行政強制力；如果企業(yè)拒絕調(diào)整和披露。注冊會計師需要根據(jù)具體情況予以反映，具體表現(xiàn)為出具保留意見或否定意見的審計報告